Kurikulum Program Studi MSI UNDIP didesain dengan standar kurikulum internasional mengacu pada MSIS 2006 dari Konsorsium ACM (Association of Computer Machinery) dan AIS (Association for Information System) Amerika Serikat, dan Direktorat Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional. Program Studi MSI UNDIP menyiapkan kurikulum dengan silabi yang fleksibel dan adaptif terhadap perkembangan/pemutakhiran dengan mengadopsi keterkaitan antara sistem informasi dengan dunia bisnis, manajemen dan organisasi modern. Struktur isi kurikulum terbagi atas kelompok mata kuliah dasar-dasar sistem informasi dan bisnis, kelompok inti sistem informasi, kelompok integrasi, dan kelompok pendukung pemilihan jalur karir. Untuk memperoleh gelar Magister Komputer (M.Kom), peserta harus menyelesaikan 57 SKS (Satuan Kredit Semester) yang dijadwalkan dalam 4 semester, berikut ini adalah Kurikulum terbaru dari Magister Sistem Informasi yang berlaku mulai tahun 2024/2025 :
